Весь XIX век был для Данилова монастыря временем роста и развития. В 1833-1838 годы по проекту архитектора Осипа Бове возводится величественный Троицкий собор, освящал его выдающийся церковный иерарх, причисленный в наше время к лику святых митрополит Московский Филарет (Дроздов). Стало увеличиваться количество насельников обители.
Много славных имен связано с историей Данилова монастыря. Среди его настоятелей были такие известные в истории Русской Церкви личности, как в XVIII веке - архиепископ Никифор (Феотокис), яркий проповедник и талантливый ученый, в XIX - архимандрит Амфилохий (Сергиев-Казанский), церковный историк и археограф, исследователь славянских древних рукописей, им написан первый исторический труд о монастыре - «Летописные и другие древние сказания о святом благоверном Великом князе Данииле Александровиче... и о построенном им за Москвою-рекою Даниловом монастыре», а также исследование «О древних иконах в Московском Даниловом монастыре». В начале XX века настоятелями Данилова были выдающийся церковный издатель и духовный писатель архиепископ Никон (Рождественский), и впоследствии видный церковный деятель митрополит Анастасий (Грибановский).