Первоначально мощи мученика Трифона были размещены в его родном селении Кампсаде. Позже его святые мощи были перенесены в Константинополь, а затем в Рим. Об этом пишет известный исследователь в области агиографии, архиепископ Сергий (Спасский), в «Полном месяцеслове Востока». Повидимому, речь идет о части святых останков мученика Трифона, потому что и в других странах имеются его святые мощи.
Особенно много их на святой горе Афон: в монастыре Ксенофонт находится честная глава, в Костамоните рука, в Пантократоре - перст. Частицы мощей святого мученика Трифона хранятся также и в других афонских монастырях: Зографе, Ватопеде, Эсфигмене. Ковчег со стопой святого мученика Трифона находится в одном из монастырей в Святых Метеорах (Греция).
В настоящее время глава святого мученика Трифона хранятся в городе Которе (Черногория) в католическом соборе.