В годы Великой Отечественной войны политика Советского государства в отношении к Русской Православной Церкви кардинально изменилась. Переломным стал 1943-й год. 12 сентября был избран новый патриарх. Им стал митрополит Сергий (Страгородский). А 28 ноября того же года было принято постановление СНК СССР "О порядке открытия церквей". Принципиальным в этом постановлении было то, что решение открывать храм или отказать в этом верующим принималось на местном уровне обл(край) исполкомами. Так, в 1944-м году поступило почти шесть с половиной тысяч просьб. А в 45-м – в сто раз больше. Однако за эти годы было открыто менее тысячи храмов. Со второй половины 1948-го года антирелигиозная политика усилилась.
Были предоставлены значительные права верующим и соответствующие полномочия местным органам власти и новообразованному Совету.
Но в жизни все было по-иному. В откровенной беседе с Г. Г. Карповым В. М. Молотов заявил: «Пока не давать никаких разрешений на открытие церквей… В последующем по вопросу открытия церквей входить за санкцией в правительство и только после этого спускать указания в облисполкомы». Затем Молотов с досадой решительно заключил: «Открыть церкви в некоторых местах придется, но нужно будет сдерживать решение этого вопроса за правительством». На деле главное слово в вопросе об открытии церквей было не за верующими, не за Советом по делам Русской Православной Церкви и даже не за правительством. Открыть храм без санкции местных властей — облисполкома, СНК автономной республики, а главное — местных партийных лидеров было невозможно. А они не спешили расстаться со стереотипами воинствующего безбожия и смотрели на «новый курс» как на временное явление.
Русская Православная Церковь на протяжении многовековой истории Российского государства была хранительницей очага национального самосознания. Примеров тому не счесть. Не стала исключением и Великая Отечественная война. Глубокие корни гражданских традиций Православия дали жизнь широкому народно-патриотическому движению под знаменем Христа. Консолидация вокруг Церкви проходила стихийно, в силу внутренних переживаний людей и вопреки антирелигиозной позиции сталинского аппарата. Конечно, неуправляемое общественное течение нарушало тоталитарную структуру государственного механизма. Но запрещать, умалять или не замечать патриотическую деятельность Церкви было делом бессмысленным и даже компрометирующим саму власть. В религиозной политике государства четко обозначился тупик. Сталин был вынужден обратить взоры на Русскую Православную Церковь. Но просто отступать он не думал. Любую компромиссную ситуацию вождь с ловкостью использовал в собственных интересах. Прежде всего Сталин создал видимость полного взаимопонимания между государством и Церковью. Кнут был сменен на пряник. Однако от того пряника Церкви достались крохи.
Обратимся к цифрам. За 1944–1945 гг. в Совет поступило 5770 заявлений об открытии церквей, а было удовлетворено только 414 ходатайств. И неудивительно, например, что после долгих отказов разрешение на открытие церквушки в с. Летово Рязанской обл. давал сам председатель СНК республики А. Н. Косыгин.
Показные уступки Церкви были сладкой приманкой в руках поводыря. За ширмой благополучия в религиозном вопросе для Сталина было важно поставить Церковь под жесткий контроль и одновременно сделать ее легкоуправляемой в своей политической игре. Такую сложную и тонкую работу с личным участием он мог поручить только Наркомату госбезопасности, что, безусловно, в прямой постановке исключалось. Сталин нашел выход из положения. Он создал двуликий Совет.